Autoimunitní onemocnění (AO) je destrukce vlastních tkání, kde se imunitní systém z určitých důvodů „zahltí“ a myslí si, že zdravé tkáně těla jsou „útočníci“ a je potřeba je napadat. U AO hrají důležitou roli všechny složky imunitního systému a zdůrazním zde především T lymfocyty a jejich diferenciace do čtyř hlavních typů viz obrázek č. 1 níže. Do nedávna se hovořilo pouze o Th1/TH2 nerovnováze. V poslední dekádě však byly objeveny další subtypy T lymfocytů, které zasahují do imunopatologických reakcí a do patogeneze autoimunitních a alergických onemocnění (Th17 a T regulační lymfocyty).
AO začínají být velmi rozšířené, dokonce rozšířenější než onkologická onemocnění s tím, že spousta jedinců ani neví, že autoimunitou trpí. V dnešní době je oficiálně pojmenováno již přes 80 autoimunitních onemocnění.